エクスプローズホーネックは俺の嫁＾ρ＾！

【イレギュラーハンター】
・エックス(X)
第17部隊の隊長としてイレギュラーの掃討を続けている。

・ゼロ(Zero)
ハンターランク最上位である特A級のイレギュラーハンター。本作から第0特殊部隊の隊長を務めている。


【イレギュラー】
・VAVA MK-II（ヴァヴァマークツー）
元イレギュラーハンター第17特殊部隊所属でエックスとゼロの元同僚。X1にてエックスによって倒されたが、Dr.ドップラーの手により蘇った。エックスへの復讐のため、得意とするライドアーマーとの連携によってエックスたちに立ちはだかる。ドップラーに対しては、復活させてくれたことには感謝しているが、命令に従うつもりはないと言っている。

・ヴァジュリーラFF（Vajurila FF）
ナイトメアポリスの一人。世界中のレプリロイドの長所を参考に作られており、機動性を重視されている。冷静沈着で丁寧な言葉遣いの裏に揺るがない自信とプライドが窺える。公式イラストでは金属の盾を装備しているが、戦闘で突進時に構えた際はピンク色のバリアのような演出になっている。みずら結いの男性のような姿をしており、額に勾玉をモチーフとした意匠がある。名称はヴァジュラから。

・水龍のプレジデント アシッド・シーフォース（Acid・Seaforce）　(英名 Toxic Seahorse)
ドップラー軍団所属。タツノオトシゴ型レプリロイド。大都市の水源である巨大ダムを占拠し、人々の生活を脅かしている。ずる賢く卑怯なエゴイスト。リキッドメタルという液体金属で作られており、体の一部を強酸にして飛ばしたり、全身を液状化してこちらの攻撃を無力化することが可能。

・影の飛忍 エクスプローズ・ホーネック（Explose・Horneck）　(英名 Blast Hornet)
スズメバチ型レプリロイド。元イレギュラーハンター第0特殊部隊の副隊長であり、ゼロの部下にあたる。慎重に任務を遂行するクールガイ。ドップラーからの招待状がゼロに届いた時、多忙だったゼロの代わりにドッペルタウンに訪れ、その際にイレギュラー化させられる。弱点はバグホール。

・ジャングルの守護神 シャイニング・タイガード（Shining・Tigerd）　(英名 Neon Tiger)
トラ型レプリロイド。冷静で知能も高く、真面目でクールな性格。太陽光をエネルギー源とし、ジャングルに数少なく残る野生動物を密猟者から守っていた。ドップラーの手によりイレギュラー化した後はジャングルを前線基地とした。身軽な動きで獲物を追い詰める他、腕のレーザークローはこちらの攻撃の防御にも使用する。


【特殊武器】
パラスティックボム - エクスプローズ・ホーネック
　通常 - 針付き爆弾を発射する。命中した敵の種類によって、効果が3種類に変化する。弱くて地形から離れない敵には貼りついて動きを止め、一定時間後に自爆する。それ以外の弱い敵には、貼りついた後、他の敵に突進しその敵も巻き込んで爆発しダメージを与えるが、周囲に敵がいない場合はその場をしばらく漂った後自爆する。それ以外の敵にはダメージを与えるだけである。ボムが貼りついた敵には、エックスは触れてもダメージを受けない。
　チャージ - チャージが完了すると、武器ボタンを押している間、エックスの周囲に4つの照準が現れ、それぞれが近くの敵を1体ずつロックオンして、追尾機能を持つ蜂型爆弾を自動的に発射する。

バグホール - グラビティー・ビートブード
　通常 - 小型ブラックホールを発生させる弾を放つ。弾やブラックホールそのものには攻撃能力は無いが、ブラックホールが3秒間、画面内の敵を振動で攻撃し、敵の残骸や弾を吸い込んで消える。敵や弾を吸い込むことで、ハイパーチャージのエネルギーが回復する。しかしダメージを与えられるのは、小型の特定の敵と一部のボスに限られる。
　チャージ - バグホールの弾を真上に飛ばし、画面上の敵を画面外に吹き飛ばすという、より強力な全体攻撃。また、特定の足場を上に持ち上げることも出来る。